Kit di test per l'analisi del pan-cancro AVENIO Surveillance V2

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Panoramica
I kit AVENIO Tumor Tissue Analysis V2 forniscono i reagenti per isolare il DNA da tessuto fissato in formalina e incluso in paraffina (FFPE), preparare le librerie di sequenziamento e arricchire regioni selezionate utilizzando tre opzioni di pannello:

• AVENIO Tumor Targeted Panel V2 — 17 geni
• AVENIO Tumor Expanded Panel V2 — 77 geni
• AVENIO Tumor Surveillance Panel V2 — 197 geni

Questi kit pronti all'uso impiegano un flusso di lavoro DNA-only basato su hybrid-capture per profilare le alterazioni genomiche da tessuti tumorali solidi FFPE. I kit consentono l'analisi delle quattro classi di mutazione (SNV, indel, CNV e fusioni) utilizzando solo DNA e includono reagenti sufficienti per fino a 24 risultati riportabili per corsa di sequenziamento su Illumina NextSeq 500/550/550Dx (modalità Research Use Only).

Vantaggi principali

• Analisi allineata tessuto-plasma se abbinata al kit AVENIO ctDNA Surveillance V2 — contenuto del pannello e flusso di lavoro di hybrid-capture identici per facilitare l'istituzione della baseline e l'analisi di concordanza tra tessuto e plasma.
• Flusso di lavoro di ricerca snello end-to-end — dall'estrazione all'analisi in circa cinque giorni, coprendo SNV, indel, fusioni e CNV in un unico workflow DNA.
• Soluzione completa per la ricerca — reagenti per isolamento del DNA, preparazione delle librerie e arricchimento target insieme ad analytics e reporting per supportare i workflow NGS oncologici interni.

Prestazioni analitiche (punti salienti)
Classi di mutazioni e frequenza allelica / numero di copie: SNV — 5% MAF; Indel — 5% MAF; Fusioni — 5% MAF; CNV — dipende dal campione.
Sensibilità e PPV per variante riportate >99% per SNV, indel e fusioni alle frequenze indicate; specificità CNV elevata (PPV >99%) nello studio tecnico; ERBB2 e MET rilevati a ~4,5 copie nel campione di validazione.
Note sulle prestazioni: le prestazioni dichiarate richiedono ≥20 milioni di letture per campione per i kit Targeted, Expanded e Surveillance V2; sensibilità determinata con campioni di riferimento verificati; performance SNV a livello di pannello; prestazioni indel e fusion segnalate per varianti whitelist.

Uso previsto / Avvertenza regolatoria
Solo per uso di ricerca. Non utilizzare per procedure diagnostiche.

Caratteristiche / specifiche tecniche

• Pannelli disponibili: Targeted (17 geni), Expanded (77 geni), Surveillance (197 geni)
• Workflow: arricchimento target per hybrid-capture; workflow DNA-only
• Tipo di campione: rotoli/sezioni di tessuto FFPE (formalin-fixed paraffin-embedded)
• Input minimo di DNA: ≥20 ng di DNA FFPET (dipende da campione e kit)
• Throughput: reagenti per processare fino a 24 risultati riportabili per kit (per corsa di sequenziamento)
• Piattaforma di sequenziamento: Illumina NextSeq 500 / 550 / 550Dx (modalità Research Use Only)
• Classi di mutazioni coperte: SNV, indel, fusioni, CNV
• Sensibilità analitica / PPV: >99% riportato per SNV/indel/fusioni a 5% MAF (dipende da variante e pannello)
• Rilevamento CNV: riporta CNV di ERBB2, EGFR e MET; prestazioni CNV dipendono dal campione (fattori: quantità di DNA, contenuto tumorale, tipo di campione)
• Requisito di profondità di lettura: le prestazioni dichiarate richiedono ≥20 milioni di letture per campione
• Applicazioni previste: profilazione tumorale, monitoraggio del carico tumorale, istituzione della baseline per monitoraggio longitudinale, studio di biomarcatori di resistenza, applicazioni di ricerca su malattia residua minima (MRD)