Kit di reagenti in soluzione KAPA HyperPETE

da ricercaper DNA

Il flusso di lavoro KAPA HyperPETE è una nuova tecnologia di cattura ibrida progettata per utilizzare reazioni di estensione dei primer al fine di catturare e rilasciare in modo specifico le molecole della libreria bersaglio per il sequenziamento. I pannelli del catalogo KAPA HyperPETE comprendono pannelli dal design fisso prontamente disponibili per varianti pan-tumorali (con un modulo MSI), hotspot oncologici, oncologia ereditaria, varianti di fusione del cancro al polmone e screening neonatale. Questi pannelli dal design fisso si avvalgono di oltre un decennio di esperienza nella progettazione di sonde. I vantaggi in sintesi Sviluppato per ricavare informazioni genomiche fondamentali da tipi di campioni difficili RNA tissutale (FFPET) Consente un arricchimento altamente specifico a partire da un’ampia gamma di quantità di RNA FFPET in ingresso (Figura 1) Rileva tutte le fusioni presenti nei campioni di linee cellulari di riferimento (Tabella 1) cfDNA plasmatico Consente di ottenere un’elevata percentuale di letture on-target e un’elevata copertura degli esoni (≥1000X) per una vasta gamma di quantità di cfDNA in ingresso (Figura 2) Rileva varianti con elevata sensibilità, a partire da una vasta gamma di quantità di cfDNA plasmatico in ingresso Prestazioni con RNA FFPE utilizzando il pannello KAPA HyperPETE LC Fusion. Il pannello KAPA HyperPETE Lung Cancer Fusion ha raggiunto una percentuale di letture on-target compresa tra il 92% e il 97% a partire da 10 ng e 50 ng di tutti i campioni FFPE testati. L’elevata specificità è stata dimostrata dall’alta percentuale di letture on-target partendo da 10 ng o 50 ng di RNA FFPE in ingresso di varia qualità (bassa, media, alta). Il tasso di letture on-target è risultato compreso tra il 92% e il 97% (compresi i target housekeeping e di fusione), con buone prestazioni per tutte le quantità, le qualità e i tipi di campioni in ingresso. Il tasso di letture on-target è stato calcolato dopo la rimozione delle letture di rRNA (dallo 0,8% all’11% di tutte le letture). Per valutare le prestazioni sono stati utilizzati due (2) campioni di linee cellulari (in duplicato) e quattordici (14) campioni FFPET normali adiacenti.