Kit di reagenti per preparazione di campioni KAPA RNA EvoPrep

DNA polimerasiDNA ligasida ricerca

Panoramica
I kit KAPA RNA EvoPrep offrono un flusso di lavoro snello per la preparazione di librerie RNA per il sequenziamento di nuova generazione (NGS). Basati sulla famiglia KAPA RNA HyperPrep Kit, gli EvoPrep convertono l'RNA di input in librerie ligate con adattatori pronte per il sequenziamento, con meno passaggi e ridotto tempo di manipolazione. Prodotto destinato esclusivamente all'uso per ricerca (RUO), non per procedure diagnostiche.

KAPA RNA EvoPrep Kit per preparazione di librerie RNA

• Flusso di lavoro veloce, circa 3,5 ore, con tempo di manipolazione minimo
• Sensibile: rileva più trascritti unici, anche da input bassi e RNA degradato (FFPE)
• Affidabile: alta concordanza tra quantità di input e risultati riproducibili

Vantaggi chiave e punti salienti

• Flusso semplificato che riduce il tempo di manipolazione, l'uso di reagenti e il materiale plastico
• Migliori tassi di conversione delle librerie e rese più elevate su un'ampia gamma di input
• Maggiore cattura di molecole uniche (miglior tasso di mapping unico, minor duplicazione e percentuali più basse di adattatore-dimero)
• Adatto all'automazione: compatibile con sistemi di automazione per manipolazione liquidi e workflow Roche AVENIO Edge
• Include chimica di ligazione migliorata (KAPA EvoT4 DNA ligase) e KAPA HiFi HotStart DNA Polymerase nel mix di amplificazione per PCR ad alta fedeltà e basso bias

Prestazioni e sensibilità
I kit mostrano prestazioni migliorate rispetto ai precedenti KAPA RNA HyperPrep Kits e a diversi kit concorrenti: rilevano più geni e trascritti su input FFPET di bassa qualità e su input da bassi (5 ng) a più alti (fino ai massimi raccomandati del kit). I dati riportati evidenziano: maggiore numero di geni rilevati in campioni FFPET di bassa qualità, tassi unici mappati più alti, riduzione dei tassi di duplicazione e percentuali più basse di adattatore-dimero.

Riepilogo del workflow

• Arricchimento iniziale opzionale: cattura mRNA (perle oligo-dT poly(A)) oppure deplezione di rRNA e/o globina (ibridazione con oligo di DNA complementari seguita da trattamento RNase H/DNase)
• Frammentazione dell'RNA (calore + magnesio)
• Sintesi del primo filamento di cDNA mediante primer random
• Sintesi del secondo filamento e A-tailing combinati (dUTP incorporato nel 2° filamento per specificità di filamento)
• Ligazione degli adattatori (TA-ligation ai frammenti A-tailed)
• Amplificazione della libreria con polimerasi ad alta fedeltà (il filamento marcato con dUTP non viene amplificato per permettere la specificità di filamento)

Compatibilità e input raccomandati
Tabella (varianti di prodotto e input tipici):
Product variant — Typical reactions — EAN
KAPA RNA EvoPrep (24rxn) — 24 reactions — 07613336240564
KAPA RNA EvoPrep (96rxn) — 96 reactions — 07613336240557
KAPA RNA EvoPrep Kit (384rxn) — 384 reactions — 07613336239308
KAPA mRNA EvoPrep (24rxn) — 24 reactions — 07613336239377
KAPA mRNA EvoPrep (96rxn) — 96 reactions — 07613336239384
KAPA RNA EvoPrep+RiboErase HMR (24rxn) — 24 reactions — 07613336239315
KAPA RNA EvoPrep+RiboErase HMR (96rxn) — 96 reactions — 07613336239322
KAPA RNA EvoPrep+RiboErase HMR (384rxn) — 384 reactions — 07613336239339
KAPA RNA EvoPrep+RiboErase Globin (96rxn) — 96 reactions — 07613336239353
KAPA RNA EvoPrep+RiboErase Globin (384rxn) — 384 reactions — 07613336239360

Note su input e tipi di campione: gli intervalli di input raccomandati variano in base alla variante del kit (esempi includono intervalli come 0,25 ng–100 ng per alcuni kit RNA EvoPrep, 5 ng–1 µg o 25 ng–1 µg per altri). KAPA mRNA EvoPrep è destinato ad RNA di alta qualità (RIN ≥ 7) e a workflow di selezione poly(A); i kit con RiboErase (HMR) / Globin sono destinati alla deplezione in umano/topo/ratto e sono compatibili con RNA FFPE di bassa qualità se usati con input e adattamenti di protocollo appropriati.

Conservazione e manipolazione
Indicazioni tipiche di conservazione: i componenti sensibili alla temperatura (reagenti per sintesi di cDNA e preparazione librerie) devono essere conservati a –15°C a –25°C; alcuni componenti di arricchimento iniziale (es. cattura mRNA) a 2°C–8°C; KAPA HyperPure Beads a 2°C–8°C. Seguire le Istruzioni per l'uso per le indicazioni esatte su conservazione, manipolazione e punti di interruzione raccomandati nel protocollo.

Nota regolatoria / d'uso
Solo per uso di ricerca. Non per procedure diagnostiche.

Specifiche tecniche

• Famiglia prodotto: KAPA RNA EvoPrep
• Applicazione primaria: preparazione di librerie RNA per NGS (intero transcriptoma, espressione genica, giunzioni di splicing, fusioni geniche, lncRNA)
• Opzioni di arricchimento: nessun arricchimento (RNA totale), cattura mRNA (poly(A)), deplezione rRNA e/o globina (HMR/Globin)
• Intervalli di input (esempi per kit): 0,25 ng–100 ng; 5 ng–1 µg; 25 ng–1 µg (dipende dalla variante)
• Tempo di preparazione (tipico): ~3,5 ore (protocollo snellito)
• Frammentazione: calore + magnesio, tarabile in base alla qualità dell'input
• Specificità di filamento: Sì (incorporazione di dUTP nel 2° filamento; sequenziamento strand-specific)
• Chimica di ligazione: KAPA EvoT4 DNA ligase
• Polimerasi di amplificazione: KAPA HiFi HotStart DNA Polymerase
• Pulizia con perle: KAPA HyperPure Beads incluse per le fasi di purificazione
• Automazione: Compatibile con automazione liquid-handling e Roche AVENIO Edge System
• Compatibilità specie: KAPA RNA EvoPrep (senza arricchimento) — ampia (eucarioti, microbe, piante, ecc.); kit con RiboErase (HMR)/Globin — oligo di deplezione per umano, topo, ratto
• Vantaggi tipici: sensibilità migliorata (più trascritti unici), maggiori tassi di mapping unico, minore duplicazione e adattatore-dimero, meno reagenti/passi di pulizia