Il kit è stato sviluppato per la costruzione di librerie di alta qualità per il sequenziamento di nuova generazione (piattaforme illumina e MGI). Il kit necessita di frammenti di DNA a doppio filamento (smussati e/o appiccicosi) come DNA di input per la preparazione di librerie NGS ed è compatibile con frammenti di DNA generati sia da metodi enzimatici che da metodi fisici (sonicazione, nebulizzazione ecc.). La multiplazione delle librerie è possibile con diversi tipi di indici.
Il kit è stato ottimizzato per la preparazione di librerie di sequenziamento di nuova generazione (NGS) con diversi tipi di campioni. La maggior parte della preparazione di librerie di DNA richiede la ligazione di frammenti di DNA tagliati ad adattatori di libreria e la preparazione della libreria di DNA è strettamente correlata alla qualità dei dati NGS. Grazie alle esclusive tecnologie di preparazione delle librerie di DNA di BioDynami, il kit rapido e semplice consente di completare la preparazione delle librerie NGS di alta qualità in 1,5 ore, con soli 10 minuti di lavoro.
Alcune regioni genomiche sono molto difficili da coprire in modo uniforme e di solito danno luogo a un tasso di copertura molto basso o a una lacuna in queste regioni.
Le tipiche regioni difficili sono:
- con alto contenuto di GC
- hanno strutture secondarie: principalmente a causa di sequenze ripetute
- i casi peggiori: hanno sia un elevato contenuto di GC sia sequenze ripetute.
Esempio: il gene TERT umano è una delle regioni più difficili, come mostrato sopra. I dati NGS hanno dimostrato che il kit BioDynami ha le migliori prestazioni per coprire la regione estremamente difficile del gene TERT umano.
Per i kit della piattaforma illumina sono disponibili tre tipi di indice:
Non-index: le librerie non hanno un indice.
Index : Una sequenza unica di codice a barre di 6 basi è stata inclusa in ciascuno dei primer index.
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