Utilizzando la tecnologia GEXSCOPE® di Singleron, le singole cellule vengono suddivise in micropozzetti individuali e gli mRNA vengono catturati da microsfere con codice a barre univoco. Gli mRNA vengono quindi trascritti in reverse transcribed in cDNA, seguiti da una fase di circolarizzazione introdotta da una maniglia circolare. Con la circolarizzazione del cDNA, la regione V(D)J è stata avvicinata al primer di sequenziamento. Dopo due cicli di arricchimento, i prodotti saranno frammentati e costruiti per ottenere una libreria VDJ a lunghezza completa per il sequenziamento illumina short-read.
Elevata efficienza di cattura dell'RNA e specificità V(D)J
La ricombinazione VDJ è il processo mediante il quale le cellule T e B assemblano casualmente diversi segmenti genici - noti come geni variabili (V), di diversità (D) e di unione (J) - al fine di generare recettori unici (noti come recettori per l'antigene) che possono riconoscere collettivamente molti tipi diversi di molecole. La regione V(D)J è una delle regioni più diversificate del genoma umano e contribuisce alla complessità delle risposte immunitarie umane. Pertanto, la comprensione delle sequenze complete delle regioni V(D)J delle cellule T e B ha fornito una comprensione più precisa dei processi immunitari.
Punti salienti:
- Completo - combina il profilo del trascrittoma con le sequenze complete di TCR o BCR
- Elevato throughput - processa simultaneamente fino a 10.000 cellule in un'unica analisi
- Alto tasso di mappatura - aumenta la proporzione di cellule con sequenze V(D)J a lunghezza intera
- Elevata efficienza di cattura: sfrutta la robusta cattura polyA
Applicazioni
01
Microambiente immunitario
Cellule T e B infiltranti il tumore
02
Malattie autoimmuni
Identificare le cellule T e B anomale nel sistema immunitario
03
Trapianto
Identificare i rischi di rigetto per il trapianto
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