Software per reportistica virSEAK

d’importazioneNGSper biologia molecolare

virSEAK (RUO - research use only) offre un confronto rapido e conveniente della propria sequenza di SARS-CoV-2 con le sequenze disponibili. Dopo un'impostazione personalizzata con il kit, è sufficiente caricare i dati fastq o fasta per ottenere una sequenza allineata con le varianti. Inoltre, la vostra sequenza sarà assegnata a un lignaggio pangolino (ad esempio B.1.1.7) e a un clade GISAID (ad esempio L). virSEAK controlla anche automaticamente se la sequenza contiene le varianti N501Y e E484K della proteina spike. Vengono mostrati i valori di copertura e qualità, tra cui: copertura richiesta, assoluta, media e mediana, % di basi "wild type" e "N". Un indicatore di qualità mostra se la qualità soddisfa le soglie di qualità definite. Inoltre, lo strumento è ottimizzato per il sequenziamento NGS ad alta produttività con funzioni di importazione ed esportazione automatizzate e trasferimento personalizzabile della sequenza. È possibile creare facilmente file multi-fasta per migliorare la segnalazione a un ufficio centrale per la sorveglianza della situazione epidemiologica e della diffusione delle mutazioni (ad esempio, in Germania il Robert Koch Institut). virSEAK - versione installabile: importazione semplice di file di sequenziamento fastq grezzi o fasta preprocessati sequenziamento NGS ad alto rendimento con importazione ed esportazione automatizzata in batch avviso automatico se sono presenti le mutazioni N501Y e/o E484K assegnazione a un lignaggio di Pangolin e a un clade GISAID verificare la presenza di altre varianti con frequenze confrontare i sottotipi, i conteggi e le posizioni dei reperti, ... esportare la sequenza e le varianti (con le meta-informazioni, in formato fasta e/o csv) i risultati vengono archiviati sequenziamento high-throughput completamente automatizzato con trasferimento della sequenza personalizzabile