In questo sistema unico, le colonne Ga-FIB e FE-SEM sono ad angolo retto tra loro. Questa configurazione è ideale per le applicazioni in cui è necessario analizzare grandi volumi (tessuti biologici, materiali con strutture a grana larga, componenti di semiconduttori, ecc.) in 3D senza distorsioni e con la massima risoluzione, anche con campi visivi molto ampi. l'analisi EBSD 3D può essere eseguita anche con un campione completamente fermo, cioè senza movimento del campione tra il taglio FIB e l'analisi dello strato EBSD.
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