Kit di reagenti a biglie magnetiche SMARTer®

per sequenziamento di RNA in cellula unicadi proteine

SMARTer Target RNA Capture per Illumina è un sistema completo progettato per generare cDNA da RNA totale arricchito. L'RNA-seq mirato può superare diverse sfide inerenti agli esperimenti di RNA-seq con amplificazione dell'intero trascrittoma (WTA), migliorando la copertura della sequenza e la sensibilità di rilevamento dei trascritti di interesse che possono essere presenti in basse quantità. Gli approcci RNA-seq mirati sono vantaggiosi anche per il risparmio dei costi e la semplificazione dell'analisi. L'arricchimento dei trascritti di interesse prima della sintesi del cDNA consente di acquisire informazioni su trascritti che altrimenti potrebbero sfuggire o che richiedono un numero molto maggiore di letture di sequenziamento per essere rilevati, tra cui fusioni di geni chimerici, isoforme di trascritto e varianti di splice. Migliorando la sensibilità, si migliora anche la potenza dell'analisi, come dimostra la riduzione del rapporto segnale/rumore. SMARTer Target RNA Capture per Illumina è utilizzato per generare cDNA da trascritti di RNA arricchiti. Le sonde di DNA biotinilate specifiche per il target, progettate dall'utente, vengono ibridate con i trascritti di interesse e gli ibridi RNA-DNA risultanti vengono catturati con le microsfere di cattura. Questo kit sfrutta la sensibilità del kit SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA per il sequenziamento per generare cDNA di alta qualità e a lunghezza completa da questi trascritti arricchiti. Il kit è stato testato con 10 ng di RNA totale e ha dimostrato di poter eseguire la sintesi di cDNA da trascritti arricchiti derivati da appena 100 pg di RNA totale purificato. Le librerie di cDNA generate da questo kit sono state testate per la compatibilità con le piattaforme di sequenziamento Illumina. Questo metodo non richiede metodi o kit aggiuntivi per la rimozione dell'rRNA.