Kit di reagenti in soluzione QuantSeq-Pool

di preparazione di banche di RNA

Metodo di analisi dell'espressione genica efficiente in termini di costi per progetti di screening Il pooling precoce e l'elaborazione in batch fanno risparmiare tempo senza sforzo Facilmente scalabile da pochi a 36.864 campioni QuantSeq-Pool è la soluzione ottimale per il profiling dell'espressione genica per progetti di screening di grandi dimensioni che utilizzano il barcoding dei campioni, l'early pooling e l'elaborazione in batch fino a 96 campioni in una reazione, fornendo un flusso di lavoro facilmente scalabile per il multiplexing fino a 36.864 campioni. Alta specificità del filamento QuantSeq-Pool mantiene un'eccezionale specificità del filamento >99,9% e permette di mappare le letture al loro filamento corrispondente sul genoma, consentendo la scoperta e la quantificazione di trascrizioni antisenso e di geni sovrapposti. Conteggio diretto per la quantificazione dell'espressione genica Viene prodotto un solo frammento per trascrizione; pertanto, non è richiesta alcuna normalizzazione della lunghezza. Questo permette una determinazione più accurata dei valori di espressione genica e rende QuantSeq la migliore alternativa ai microarray e al tradizionale RNA-Seq negli studi di espressione genica. Analisi bioinformatica semplice La mappatura delle letture è semplificata saltando il rilevamento della giunzione. Le letture sono generate all'estremità più 3′ delle trascrizioni, dove non ci sono quasi giunzioni. L'elaborazione dei dati può quindi essere accelerata utilizzando, ad esempio, Bowtie2 invece di TopHat2. Identificatori molecolari unici Gli UMI sono incorporati in QuantSeq-Pool e sono introdotti nel primo passo del protocollo. Gli UMI sono lunghi 10 nucleotidi e vengono letti all'inizio della lettura 2. Usa le informazioni UMI per identificare i duplicati della PCR ed eliminare gli errori di amplificazione.