Questi costrutti di solito fondono l'intera proteina bersaglio, o almeno un suo dominio funzionale, con uno dei numerosi tipi di proteine fluorescenti reporter. Quelle originariamente derivate dal corallo Discosoma sp. sono comunemente chiamate proteine fluorescenti rosse, o RFP. È facile immaginare le cellule utilizzando un costrutto di proteina di fusione RFP, ma per ottenere un quadro completo i dati di imaging sono spesso combinati con informazioni biochimiche aggiuntive per la proteina (o il dominio proteico) di interesse. Per questi esperimenti biochimici, di solito viene progettata una seconda proteina di fusione che utilizza un dominio "tag" diverso che consente la purificazione. Queste analisi aggiuntive in vitro possono essere utilizzate per confermare la funzionalità del costrutto di fusione "taggato" e per individuare i complessi multiproteici che possono formarsi nell'ambiente cellulare. La mancanza di reagenti specifici, affidabili ed efficienti ha limitato l'uso di RFP e delle relative proteine di fusione fluorescenti, sia per gli studi di biologia cellulare che per le analisi biochimiche dirette.
Le RFP-Traps utilizzano frammenti di anticorpi alpaca ad altissima affinità accoppiati a microsfere di agarosio o a microsfere magnetiche di agarosio. Queste "Nanobody-Traps" sono perfette per gli esperimenti di immuno-precipitazione, immuno-purificazione e immuno-pulldown con una purezza (e una resa) fino a 10 volte superiore a quella degli anticorpi monoclonali di topo convenzionali. Compatibili con una varietà di materiali di partenza, le Nanobody-Traps possono essere utilizzate con cellule di mammifero, tessuti e organi, batteri, lievito e persino piante. Questi reagenti consentono alle fusioni RFP di essere perfette per immunoprecipitazioni, Co-IP, spettroscopia di massa, misurazioni dell'attività enzimatica e analisi ChIP.
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