Software per sequenziamento MinKNOW

per sequenziamento NGSper genomicadi gestione dati

Panoramica
MinKNOW è il software di controllo e acquisizione per i dispositivi Oxford Nanopore. Gestisce connessione e controllo dispositivi, acquisizione dati, basecalling live e post-run, analisi in tempo reale, controlli di flow cell e hardware, configurazione delle run e report. Identificatore documento: MKE_1013_v1_revDN_29Apr2026.

Dispositivi supportati e ambito

• MinION Mk1B, MinION Mk1D
• MinION Mk1C
• Adattatore Flongle e Flongle Flow Cells
• GridION
• PromethION 24 / 48
• PromethION 2 Solo (P2 Solo) e PromethION P2i

Capacità principali

• Controllo dispositivo e gestore connessioni per accesso locale o remoto
• Controlli hardware tramite Configuration Test Cell (CTC) e valutazione dei pori attivi
• Avvio, pausa, stop e monitoraggio degli esperimenti di sequenziamento
• Basecalling live (Fast / HAC / SUP) e basecalling post-run opzionale
• Barcoding (single/dual), trimming e assegnazione dei barcode
• Allineamento durante le run con riferimenti FASTA/.mmi e intervalli BED opzionali
• Adaptive sampling (enrich/deplete) con workflow di bilanciamento per barcode
• Output dati: FASTQ (gzip), BAM, POD5 con split e compressione configurabili
• Template di run, upload sample-sheet (CSV) e supporto multi-flow-cell
• Obiettivi di run e regole di arresto (tempo, basi stimate/basecallate, copertura)
• Report esportabili e CSV di attività dei pori

Guide rapide e sezioni principali

• Guide per dispositivo (MinION, GridION, PromethION, Flongle)
• Requisiti di sistema e installazione su Windows, macOS, Linux
• Procedure di aggiornamento e workflow del Connection Manager
• Homepage, panoramica sequenziamento, controlli hardware e flow cell
• Avvio e monitoraggio delle run, pausa e recupero esperimenti
• Analisi post-run: basecalling, barcoding, allineamento e report

Output e formati file

• Formati basecallati: FASTQ (gzip opzionale) e BAM (supporto Crypt4GH)
• Segnale grezzo: POD5 consigliato (supporto FAST5 obsoleto)
• Modelli di basecalling: Fast, HAC (default), SUP (massima accuratezza)
• Controlli avanzati: letture per file, split temporale, split per barcode e compressione

Note sull'installazione e requisiti computer

• Distribuzione: zip per Windows, package per macOS, repository/pack apt per Ubuntu
• Si consiglia storage su SSD; percorso di output configurabile
• Impostazioni proxy e rete avanzate configurabili tramite user_conf

Tutorial, assistenza e risoluzione problemi

• Tutorial in-app al primo avvio (resettabili)
• Menu di aiuto: link di supporto, esportazione log (TGZ) e guide di troubleshooting
• Posizioni dei log e procedure di esportazione specifiche per OS

Sicurezza e impostazioni dispositivo

• Sicurezza dispositivo: firewall predefinito, controlli accesso remoto, abilitazione/disabilitazione SSH
• Raccomandazione: limitare accesso remoto su reti non attendibili e rispettare le politiche locali di protezione dei dati

Caratteristiche / specifiche tecniche

• Tipo di prodotto: software di controllo e acquisizione per sequenziamento
• Produttore / marca: Oxford Nanopore Technologies
• Versione documento: MKE_1013_v1_revDN_29Apr2026
• Dispositivi supportati: MinION Mk1B/Mk1D/Mk1C, GridION, PromethION 24/48, PromethION 2 Solo, Flongle
• Motori di basecalling: Dorado server / Fast, HAC, SUP
• Formati grezzi: POD5 (default se abilitato); FAST5 deprecato
• Output basecallati: FASTQ (gzip) e BAM
• Adaptive sampling: enrich/deplete con basecalling on-target opzionale
• Sample sheet: supporto CSV per esperimenti multi-flow-cell
• Regole di terminazione: tempo, basi stimate/basecallate, copertura, copertura per barcode, conteggio letture
• Piattaforme di installazione: Windows, macOS, Linux (Ubuntu 20/22/24)