Software per sequenziamento EPI2ME

di analisi di datiin tempo reale

Panoramica del prodotto
Oxford Nanopore fornisce software e strumenti per l'analisi dei dati di sequenziamento nanopore, combinando i workflow preconfigurati EPI2ME con l'ambiente operativo MinKNOW. Le soluzioni supportano l'analisi in tempo reale e il deployment su portatili, workstation, cluster, ambienti cloud e dispositivi Oxford Nanopore, rispondendo alle esigenze di laboratori di ricerca e clinici.

Workflow di analisi preconfigurati con EPI2ME

• Accessibile tramite un'app desktop intuitiva o interfaccia a riga di comando
• Workflow preconfigurati disponibili per molte applicazioni di sequenziamento
• Distribuzione ed esecuzione delle analisi su portatile, cluster, cloud o dispositivi ONT
• Ottenere risultati durante il sequenziamento con workflow in tempo reale
• Creare e condividere workflow personalizzati tramite l'app EPI2ME

Per gli scienziati

• Interfacce orientate all'utente per l'ispezione routinaria dei dati
• Report strutturati per una rapida interpretazione dei risultati
• Molti workflow funzionano senza competenze bioinformatiche specializzate
• Proprietà dei dati mantenuta dal campione al risultato

Per i bioinformatici

• Accesso a basecaller e strumenti tramite i repository GitHub di Oxford Nanopore
• Recupero delle definizioni dei workflow EPI2ME su GitHub o integrazione di codice personalizzato
• Supporto da riga di comando per integrazioni avanzate e automatizzate

MinKNOW

• Software operativo per i dispositivi di sequenziamento Oxford Nanopore
• Gestisce l'acquisizione dei dati grezzi e il basecalling
• Include rilevamento della metilazione integrato ove applicabile
• Supporta il sequenziamento target in silico tramite adaptive sampling
• Fornisce un'API per connettere strumenti a monte e a valle

Dataset e soluzioni compatibili

• Dataset aperti forniti per supportare lo sviluppo di metodi e il benchmarking
• Oxford Nanopore collabora con partner di analisi terziaria per soluzioni di interpretazione end-to-end
• Formazione online e masterclass disponibili per agevolare l'adozione

Specifiche tecniche

• EPI2ME: workflow preconfigurati in tempo reale; applicazione desktop e interfacce a riga di comando
• Deployment: supporto per portatile, workstation, cluster, cloud e dispositivi ONT
• Analisi in tempo reale: accesso a risultati intermedi e finali durante il sequenziamento
• Personalizzazione: creare, esportare e condividere workflow personalizzati tramite EPI2ME
• MinKNOW: acquisizione dati, basecalling, rilevamento metilazione, adaptive sampling, API MinKNOW per integrazioni
• Strumenti e basecaller: mantenuti e accessibili tramite i repository Oxford Nanopore per utenti avanzati
• Pubblico target: scienziati di laboratorio (molti workflow senza necessità di bioinformatica) e bioinformatici (supporto da riga di comando e integrazione)