i 2'-deossi-2'-fluoro-nucleosidi adottano una conformazione zuccherina di tipo RNA, presumibilmente a causa dell'elevata elettronegatività del fluoro. A causa di questa conformazione zuccherina, i duplex di RNA (forma A) sono generalmente più stabili dal punto di vista termodinamico rispetto ai duplex di DNA (forma B). Come previsto, l'aggiunta di residui 2'-F-RNA agli oligodeossinucleotidi aumenta progressivamente la stabilità termica dei loro duplex con l'RNA. La stabilizzazione è additiva di circa 2° per residuo. Ciò si confronta favorevolmente con il 2'-OMe-RNA a circa 1,5° e con l'RNA a 1,1° per residuo. Nel frattempo, la specificità della coppia di basi rimane intatta.
i legami fosfodiestere del 2'-F-RNA non sono resistenti alle nucleasi, sebbene i corrispondenti legami fosfotiotioati siano altamente resistenti. I ricercatori di solito progettano oligonucleotidi antisenso per formare duplex con l'RNA, che sono poi substrati per l'RNasi H. I duplex 2'-F-RNA/RNA uniformemente modificati non sono substrati per l'RNasi H. Tuttavia, è facile preparare oligonucleotidi chimerici 2'-F-RNA/DNA fosforotiati che mostrano un legame potenziato con il bersaglio RNA, sono substrati per l'RNasi H e sono altamente resistenti alle nucleasi.
Specifiche tecniche
Chimica
Massa/peso molecolare - 307,17
Conservazione e stabilità
Condizione di risospensione -
- Far girare brevemente la provetta per raccogliere il pellet sul fondo della provetta - Aggiungere un volume appropriato di tampone raccomandato (fare riferimento alla scheda tecnica) - Lasciare riposare la provetta per alcuni minuti - Vortexare la provetta per 15 secondi
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