Il sistema di ingegneria medica pulita riguarda le sale operatorie, le unità di terapia intensiva, le sale di disinfezione, i laboratori, i laboratori clinici, i centri di distribuzione delle vene e altri siti. Per garantire la pulizia è necessario adottare materiali di decorazione, condizionatori puliti e dispositivi medici che soddisfino i requisiti di pulizia, in particolare per le sale operatorie pulite, le unità di terapia intensiva, le sale di approvvigionamento per la disinfezione e altri siti soggetti ai requisiti di pulizia dell'ospedale.
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