Grazie alla varietà di radiatori diversi, il trattamento a microonde offre un campo di applicazione molto vario. Il calore prodotto può essere ridotto aumentando la distanza tra il radiatore e il sito di trattamento.
La radiazione a microonde può essere focalizzata ed è quindi perfettamente applicabile per il trattamento di specifiche parti del corpo a livello locale. Pertanto, è particolarmente indicato per l'otorinolaringoiatria, la medicina dentale e l'ortodonzia. Per questi campi il microonde è da preferire alle onde corte.
All'interno del corpo, le microonde eseguono processi fisico-chimici termici (calore) ed estratermici (vibrazioni).
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