Micoplasma: Conosciuto anche come micoplasma, il più piccolo e semplice organismo procariotico mai scoperto, si stima che dal 15% al 35% delle cellule sia contaminato da micoplasmi. La contaminazione da micoplasma può avere molti effetti sulle cellule, tra cui le proprietà metaboliche, immunitarie o biochimiche, lo stato di crescita e la sopravvivenza delle cellule, influenzando la stabilità, l'affidabilità e l'accuratezza dei risultati sperimentali; il micoplasma è difficile da rilevare e da eliminare, può facilmente passare il filtro standard da 0,22μm e può anche antagonizzare la maggior parte degli antibiotici, causando enormi perdite alla coltura cellulare. Pertanto, le cellule devono essere testate regolarmente per la contaminazione da micoplasma (ad esempio ogni 2 o 3 mesi). Sono disponibili diversi metodi per rilevare il micoplasma, tra cui la coltura in brodo o in agar, la colorazione fluorescente diretta o indiretta, l'ELISA, la PCR diretta o indiretta, ecc.
Per garantire l'accuratezza dei risultati della PCR, per prevenire l'amplificazione non specifica della PCR e la contaminazione, le misure comuni sono l'uso dell'enzima Taq a caldo e dell'UDG (uracil-DNA glicosilasi).
Il centro attivo dell'enzima Taq, modificato chimicamente, viene bloccato in modo tale che l'enzima non sia attivo a bassa temperatura o a temperatura normale, in modo che non si generi un'amplificazione non specifica dovuta al mismatching dei primer prima del caricamento dell'amplificazione PCR. A temperature elevate (come 95°C), i gruppi chimicamente modificati si idrolizzano e rilasciano tutte le attività enzimatiche, ottenendo così l'avvio a caldo dell'enzima Taq. Riducono al minimo l'amplificazione non specifica e la formazione di dimeri di primer, aumentando la sensibilità e la specificità dell'amplificazione.
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