Il programma di scansione offre un'interfaccia chiara e potente per la gestione dei parametri di scansione, che comprendono l'energia e l'intensità del fascio di raggi X, la risoluzione, il tempo di misurazione e la calibrazione della densità desiderata. Le impostazioni dei parametri possono essere scritte su database come file di controllo per l'uso ripetuto in progetti di grandi dimensioni, assicurando che i risultati possano essere confrontati in modo affidabile e che le impostazioni utilizzate nelle misurazioni precedenti possano essere visualizzate e riutilizzate.
Le scansioni possono essere eseguite in modo interattivo tramite l'interfaccia utente o (per gli scanner di campioni) in modalità batch, in cui le impostazioni e la posizione di scansione per più campioni vengono definite in un'unica sessione prima che le scansioni vengano eseguite in sequenza senza sorveglianza. La modalità batch è particolarmente utile per gli scanner dotati di cambiacampioni.
La ricostruzione di set di dati 3D da dati di proiezione microCT, compresa la correzione dell'indurimento del fascio, viene gestita automaticamente dopo il completamento di ogni stack di immagini a fascio conico.
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