Il backbone elettricamente neutro, una caratteristica chiave dei PNA, fornisce anche vantaggi nella FISH (ibridazione fluorescente in situ). L'alta specificità del PNA tramite backbone elettricamente neutro permette una rapida ibridazione con solo una piccola quantità di sonda PNA senza un significativo segnale di fondo, con conseguente elevato rapporto segnale-rumore e lavaggio in condizioni delicate. Le sonde PNA FISH per l'analisi della lunghezza dei telomeri /centromeri sono disponibili con una varietà di fluorescenza.
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