Il labirinto Y è simile al labirinto T, tranne che con tre braccia a 120 gradi l'una dall'altra. Il roditore o il topo inizia all'estremità di un braccio, poi sceglie tra gli altri due. L'alternanza spontanea viene misurata per dimostrare l'apprendimento.
Il labirinto a Y è spesso preferito al labirinto a T perché le svolte graduali diminuiscono il tempo di apprendimento rispetto alle svolte brusche del labirinto a T. Si tratta inoltre di un labirinto* più piccolo per consentire minori gradi di libertà di movimento, focalizzando l'animale sul compito da svolgere. Il labirinto Y può anche essere esca con il cibo per l'alternanza ricompensato. I pozzi alimentari hanno una profondità standard di 1 cm.
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