Analizzare la cinetica della sintesi e del ricambio dell'RNA a livello di trascrittoma
Misurare l'espressione dell'RNA nascente e la stabilità del trascritto
Migliorare la risoluzione temporale dell'espressione differenziale
Identificare i bersagli trascrizionali primari e secondari
Nessun pull-down o isolamento biochimico richiesto
Utilizzare in combinazione con QuantSeq 3' mRNA-Seq per un'analisi economica,
sequenziamento metabolico ad alto rendimento
SLAMdunk - automatizzato e user-friendly SLAMseq-QuantSeq analisi dei dati
pipeline sulla piattaforma di analisi genomica BlueBee
SLAMseq è un metodo ad alta sensibilità per la misurazione risolta nel tempo dell'RNA appena sintetizzato ed esistente in cellule coltivate. SLAMseq permette la risoluzione della cinetica di sintesi e degradazione dell'RNA.
Lexogen offre una famiglia di kit basati sul nuovo metodo SLAMseq: Thiol (SH)-Linked Alkylation for the Metabolic sequencing of RNA. SLAMseq permette l'identificazione e la quantificazione dell'RNA appena sintetizzato (nascente) e di quello esistente dallo stesso campione in parallelo, senza la necessità di un isolamento biochimico. SLAMseq può essere facilmente applicato agli esperimenti su cellule viventi. Combinato con QuantSeq 3' mRNA-Seq library preparation, SLAMseq fornisce una soluzione completa, facile da usare e ad alto rendimento per analizzare la sintesi dell'RNA a livello di trascrittoma e la cinetica di turnover.
Il portafoglio dei kit SLAMseq comprende i moduli Explorer e Kinetics, che coprono l'intero esperimento di etichettatura metabolica dell'RNA, dall'ottimizzazione delle condizioni di etichettatura, all'etichettatura dell'RNA nascente o esistente e all'alchilazione per la preparazione della libreria NGS a valle.
---