La contaminazione accidentale di una coltura cellulare da parte di batteri, lieviti, funghi o micoplasmi porta a una rapida crescita del microrganismo contaminante e al deterioramento della coltura cellulare. Per evitarlo, tutte le procedure di manipolazione devono essere eseguite in condizioni asettiche e di solito l'uso profilattico di agenti antimicrobici è vantaggioso. Quando si utilizzano agenti antimicrobici nelle colture cellulari, è importante tenere conto della loro potenziale tossicità sulle cellule in coltura; è quindi importante evitare concentrazioni elevate e utilizzare questi agenti soprattutto quando esiste un rischio reale di contaminazione, come nel caso di colture di cellule primarie derivate da campioni chirurgici. La stabilità degli agenti antimicrobici in coltura è limitata, quindi a volte è davvero necessario sostituire il terreno di coltura con un terreno fresco. Diversi antibiotici hanno un diverso meccanismo d'azione e mostrano anche spettri di attività variabili; l'uso di miscele di diversi antibiotici allo stesso tempo è un buon approccio e riduce al minimo il rischio di emergere di microrganismi resistenti agli antibiotici.
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