La gamma di dimensioni dei frammenti da separare determina la scelta della concentrazione di agarosio per un gel. La concentrazione tipica di agarosio va dallo 0,5% al 3,0%. Per i frammenti di DNA di grandi dimensioni sono necessari gel a bassa percentuale, mentre per i frammenti di DNA di piccole dimensioni si consigliano gel ad alta percentuale. I gel deboli (agarosio allo 0,5%) devono essere elettroforesi a basse temperature (ad es. -4°C). I gel di agarosio da 0,75% a 1,0%, per l'elettroforesi di routine, sono consigliati per un'ampia gamma di separazioni (da 0,15 a 15 kb). i gel di agarosio al 2...4% sono solitamente scelti per la risoluzione dei frammenti di PCR. Se il gel deve essere successivamente fotografato, i gel sottili (da 2 a 3 mm) con agarosio a bassa percentuale sono migliori di quelli spessi o ad alta percentuale. Questi ultimi producono una maggiore opacità e autofluorescenza.
Tampone per elettroforesi
Il tampone TAE fornisce una risoluzione ottimale per i frammenti di lunghezza superiore a 4 kb, mentre per i frammenti di lunghezza compresa tra 0,1 e 3 kb si dovrebbe scegliere il tampone TBE. Il TBE ha una maggiore capacità tampone e una minore conduttività rispetto al TAE e pertanto dovrebbe essere utilizzato per l'elettroforesi ad alta tensione. Inoltre, il tampone TBE genera meno calore del TAE a una tensione equivalente e non consente una significativa deriva del pH. Nota: a causa della sua minore capacità tampone, il TAE deve essere fatto circolare o mescolato di tanto in tanto per l'elettroforesi completa, soprattutto a tensioni più elevate.
Influenza della temperatura
L'elettroforesi ad alta tensione produce calore. Inoltre, i tamponi ad alta conduttività come il TAE generano più calore dei tamponi a bassa conduttività.
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